В начале февраля 1940 года был сдан в эксплуатацию аэродром на 13-м км основной трассы, было организовано почтовое и пассажирское сообщение по трассе Магадан – Хабаровск с посадкой в Охотске, Николаеве, Комсомольске. В 1961 году на 13 км в новые здания переехал из авиамастерских в бухте Нагаева 73 авиаремонтный завод, ведущий свою историю с 1936 года. Аэропорт 13 км активно использовался и до 1960-х годов принимал регулярные пассажирские рейсы на Ил-14, до момента ввода в строй в Магадане аэропорта "Сокол". Долгое время аэропорт был базой лёгких самолетов и вертолётного парка Второго Магаданского объединённого авиаотряда. В день вылетало до 15 самолетов и 5–6 вертолётов во все концы области и за её пределы. В 2002 году произведена реконструкция аэровокзального комплекса. До сих пор аэропорт "Магадан–13" служит базой малой авиации области.