Магаданский рыбный порт - не самое известное место в городе, но очень важное. Здесь происходит перевалка грузов рыбодобывающих компаний. В состав Магаданского морского рыбного терминала входят четыре причала («Реф-2», пирс «Восток», причалы «Днепр с перешейком» и «Марчекан»), находящиеся в федеральной собственности. До 1990 года в порт в среднем заходило более 500 судов со всего мира в год: на разгрузку рыбы, на ремонт и дозаправку. Но с 2000-х он пришел в упадок и катится по наклонной до сих пор, - сейчас туда заходит не более 75 судов в год, перевалка грузов снизилась с 45 тысяч тонн до 6 тысяч. На дне бухты лежит около 30 затопленных кораблей. Они представляют опасность и для судов, и для экологии, - в некоторых из них все еще есть топливо, которое может пролиться.